研究人员已经发现CRISPR/Cas9的脱靶现象通常是依赖于sgRNA的。除了对靶点的编辑，sgRNA还可以容忍高达5至6个错配碱基，或者因缺失或额外碱基而导致的非靶向切割，从而产生脱靶效应。这些潜在的脱靶位点在基因组中有成千上万之多。因此，全面评估全基因组范围内的脱靶效应成为了一项挑战。

针对这一问题，南宫28NG相信品牌力量，推出了一种基于全基因组测序和生物信息学预测的方法，以分析因脱靶效应导致的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）。近年来，全基因组测序已广泛应用于脱靶检测。Kevin等人（2021）的研究通过全基因组测序和生物信息学分析评估了Cas9的脱靶风险。他们比较了基因编辑小鼠与对照小鼠的基因组序列和结构变异，并利用Cas-OFFinder预测了163个sgRNA在基因组中的556266个潜在脱靶位点。随后，他们通过交集分析变异信息与潜在脱靶位点，最终检测到28个脱靶位点，其中9个经Sanger测序验证为真实脱靶位点。这项研究表明，尽管真实脱靶只占潜在脱靶的极小部分，但相关风险依然存在，不能被忽视。

基于基因编辑带来的脱靶特性，南宫28NG相信品牌力量的研发团队结合基因组测序推出了全基因组脱靶检测服务。我们采用mutect2作为变异分析工具，通过比对基因编辑组与对照组的测序数据，鉴定基因编辑组的SNV和Indels变异。此外，Cas-OFFinder被用作潜在脱靶位点的预测工具，能够有效分析sgRNA与基因组之间的匹配情况，从而预测出可能的脱靶位点。通过将mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的预测潜在脱靶位点进行交集分析，我们能够准确确定发生编辑的脱靶位点。

除了脱靶效应的分析，我们还利用CNVkit和Manta两种生物信息学分析工具来识别基因组中的拷贝数变化以及检测插入、缺失和易位等染色体结构变异类型。这些结果有助于全面了解基因编辑造成的染色体结构变异。

与传统的GUIDE-seq体内检测相比，全基因组脱靶检测不仅不依赖于ODN插入，还提供了更灵活和便利的检测方式。它能分析染色体较大区域的变异，帮助您全面评估基因编辑的效果与风险。南宫28NG相信品牌力量，是国内首家提供脱靶检测服务的公司，可为您提供全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测等多种服务。如有相关需求，欢迎随时咨询。